公式的には「航海」と呼ぶのが正しい。内容が「おつかい」なのでよく「クエスト」と呼ばれている

各貿易会社から購入できるクエスト（ゲーム内では「航海」。英語では Voyage ）と、ストーリークエスト（ゲーム内では「クエスト物語」、英語では Tall Tales ）の２種類があり、この２種類は同時に進行することが可能。

• プレイヤーは貿易会社のクエストを3つまでストックできる（ビルジラットのメンバー（ラリンナなど）から買える期間限定クエスト等は別管理なので合わせると4つ以上のクエストがストックできる）
• 6 つの貿易会社という勢力があり、各貿易会社のクエストをこなすと、貿易会社から海賊に対しての信頼度である 名声 (Reputation) が上昇する
  • ハンターズコール, リーパーズ・ボーン, シー・ドッグには関してはクエストが存在しない
• クエストの内容は、その貿易会社の「名声レベル」が５ごとに上昇すると購入できる「肩書き」に応じて内容が変化していき、難易度と報酬が上昇していく
• 誰かが受注条件を満たしていれば、その船のメンバーは誰でもクエストに参加することができる
  • 例えば「伝説の海賊」でしか購入できないクエストに、先程ゲームを始めたばかりの人でも参加できるし、クリアすれば「アテナ・フォーチュン」の名声を獲得できる
  • そのため、「名声レベル」が高く、そこまでの「肩書き」をすべて購入している人がクエストを購入するのが最も効率が良い
• 他の船にもクエストを貼ることができる
  • ただし、自分の船がクエスト進行中だと貼ることができない
• 貿易会社のクエストを買い切ると、ゲーム内時間の翌日朝6時(現実時間の24分でゲーム内は1日)まで補充されない
  • サーバー（ワールド）を替えることで補充される
  • サーバー（ワールド）を替えても購入したストックは保持される（一度開始してしまったものは不可）
• 現在各貿易会社に対応したクエストがある
• アテナ・フォーチュンのクエストは伝説の海賊にならないと受注できない
• 第１章, 第２章, 最終章など、表示されているクエストをクリアすると新たに次のクエストが表示されることがある
  • 最終章の最後までクリアしないと「航海クリア」とならず、一部のクエストクリア回数の褒賞がアンロックできないので注意